De leiding van LVNL bestaat uit het bestuur, managementteam en de raad van toezicht.
Het bestuur is belast met de dagelijkse leiding van LVNL en vertegenwoordigt LVNL in en buiten rechte. De bestuursleden zijn voor een periode van vijf jaar benoemd door de minister van Infrastructuur en Waterstaat op voordracht van de raad van toezicht. Nieuwe bestuurders worden voor een periode van vier jaar benoemd. Herbenoeming kan vervolgens voor een periode van maximaal vier jaar plaatsvinden. Het bestuur van LVNL volgt de principes van collegiaal bestuur. Het bestuur geeft leiding aan de organisatie en daarbinnen onderkende bedrijfsprocessen.
De taakverdeling tussen de bestuurders is vastgelegd in het Bestuursreglement LVNL. De bestuursleden zijn samen verantwoordelijk voor de taken zoals vastgelegd in de Wet luchtvaart. De voorzitter van het bestuur heeft een bijzondere positie. Onverlet de principes van collegiaal bestuur is hij de eerst aangesprokene voor de resultaten en de algemene gang van zaken binnen LVNL.
Voor uitvoering van de verantwoordelijkheid van het bestuur en de aansturing van de dagelijkse bedrijfsvoering, voert het bestuur periodiek overleg met het managementteam (MT). In dit overleg wisselt het bestuur organisatiebrede informatie uit voor besluitvorming. Ook wordt het MT geraadpleegd over, door, of namens het bestuur te nemen besluiten.
De raad van toezicht ziet toe op de werkzaamheden van het bestuur en staat het bestuur met raad terzijde. De leden van de raad worden benoemd door de minister van Infrastructuur en Waterstaat voor een periode van maximaal vier jaar en zijn eenmaal herbenoembaar voor een tijdvak van maximaal vier jaar. De raad bestaat uit: